NCIt : une terminologie médicale multi-domaine

Le National Cancer Institute Thesaurus (NCIt) a été construit par le National Cancer Institute. Initialement conçue pour la recherche clinique en oncologie, le NCIt est devenue une Terminologie de référence mondiale en cancérologie.  Elle est mise à jour mensuellement par un réseau d’experts.

Capitalisant sur sa qualité de référence dans le domaine de l’oncologie, le NCIt est devenu aujourd’hui une Terminologie multi-domaine exploitable en production de soin. Le NCIt s’intègre dans écosystème de Terminologies biomédicales par le biais d’un réseau d’alignements disponibles directement dans la terminologie (OMIM, CHEBI, NCBI…) ou dans d’autres serveurs multi-terminologique (SNOMED CT, Mesh, orphanet, etc).

Aujourd’hui, la version 22.01 (janvier 2022), est disponible sur le SMT. Elle contient 170 000 concepts. Les concepts sont répartis en 18 axes, dont les plus représentatifs sont « Maladie, trouble ou constatation » (40 346 concepts) ; « Activités » (26 018 concepts) et « Médicament, aliment, produit chimique ou matériel biomédical » (25 078 concepts). Les concepts obsolètes sont historisés sous une arborescence spécifique.

Le NCIT est publié sur le SMT dans le cadre de la feuille de route du CI-SIS avec une traduction réalisée en partenariat avec l’équipe D2IM du CHU Rouen (HETOP). Cette première version contient 50% de termes principaux avec des traductions validés par les experts, et propose les traductions automatiques pour diffuser une ressource entièrement en français.

Le NCIT est actuellement instruit dans divers cas d’usage de cancérologie dont le bilan d’extension de la tumeur.

Il est à noter que l’affichage proposé sur le SMT est partiel, mais que l’ensemble de la ressource est disponible en téléchargement.

Taxonomie du NCBI : une base de référence pour décrire les taxons en science du vivant 

La taxonomie du NCBI est une classification phylogénétique de l’ensemble du règne du vivant. Elle est maintenue à jour quotidiennement par le National Center for Biotechnology Information en suivant les recommandations de comités internationaux de nomenclature.

Le NCBI est une taxonomie pivot en science du vivant ; elle sert de référence pour indexer les bases de séquences (génétiques, protéomiques, etc.). En biologie clinique, elle est utilisée par les laboratoires comme source de curation des bases locales ou pour des activités de recherches.

La taxonomie du NCBI est publiée sur le SMT dans le cadre de la feuille de route du CI-SIS.

Elle prend la forme d’une version filtrée ne conservant que les taxons bactériens pertinents pour l’interopérabilité. Elle contient 35 000 taxons dont 4500 genres et 24 000 espèces. La ressource d’origine a également été enrichie avec 4800 alignements vers d’autres Terminologies biomédicales (CIM-11, le NCIt, LOINC).